Una cattiva igiene, specie nelle donne a causa dell'uretra più corta può essere causa delle cistiti. Un'altra causa di infiammazione possono essere rapporti sessuali particolarmente traumatici e sarebbe bene urinare per lavare l’uretra dopo ogni rapporto. Altra causa possono essere dei parassiti tipici delle popolazioni del Nord Africa e del Medio Oriente (bilharziosi). Ulteriori cause possono essere prodotti per l' igiene intima troppo aggressivi o troppo frequenti lavaggi che asportano del tutto la fisiologica pellicola idrolipidica utile alla prevenzione delle infezioni.
Anche la menopausa è tra le possibili cause della cistite e questo per un cambiamento dell' assetto ormonale. In particolare gli estrogeni prodotti dall' organismo femminile rendono l’epitelio dei genitali esterni più resistenti alle infezioni limitando la secchezza vaginale ed aumentandone l’acidità. Da ciò l’aumento di frequenza di cistiti nelle donne anziane che, per l’atrofia ovarica, lamentano un inevitabile diminuizione del tasso estrogenico. Anche gli spermicidi aumentano il rischio di cistiti alterando le secrezioni vaginali. Esistono poi cause congenite per malformazioni che aumentano il ristagno vescicale e la frequenza di cronicizzazioni.
Le persone portatrici di catetere vescicale, poi facilmente vanno incontro a episodi cistitici e comunque presentano una batteri uria inevitabile pur ponendo le dovute attenzioni al momento della sostituzione dello stesso.
Negli uomini tra le cause più frequenti, l’ipertrofia prostatica ostruttiva che, anche dopo avere urinato, provoca un ristagno urinario dove facilmente i batteri proliferano, le infiammazioni prostatiche che costituiscono un “serbatoio” di infezione latente.
Le calcolosi urinarie, comuni a uomini e donne, possono essere anch’esse una causa di infezione urinaria recidivante e anche Il diabete sia di tipo I che di tipo II (il glucosio presente nelle urine ne determina una riduzione dell’acidità) oltre ad alcune malformazioni congenite delle vie urinarie.